На сегодняшний день в состав Головного музея входят пять филиалов:
1. Мемориальный Дом-музей М. Гафури – г. Уфа, ул. Гоголя, 28;
2. Музей М. Акмуллы – д. Туксанбаево Миякинского района;
3. Музей Ш. Бабича – д. Асяново Дюртюлинского района;
4. Музей М. Уметбаева – д. Ибрагимово Кармаскалинского района;
5. Музей А. Мубарякова – с. Ассы Белорецкого района.
ГУКИ Национальный литературный музей РБ укрепляет материально-техническую, экспозиционную базу филиалов и оказывает методическую помощь 10 муниципальным музеям: Д. Киекбаева (д. Каран-Елга Гафурийского р-на), К. Иванова (с. Слакбаш Белебеевского р-на), М. Сагитова (с. Старосубхангулово Бурзянского р-на), Г. Сокороя (д. Старочукурово Татышлинского р-на), Р. Гарипова (д. Аркаул Салаватского р-на), Д. Булякова (д. Смаково Мелеузовского р-на), А. Хакимова (г. Давлеканово, ул. Набережная, 31), М. Гафури (д. Зилим-Каран Гафурийского р-на), семьи Аксаковых (с. Надеждино Белебеевского района), М. Цветаевой (с. Усень-Ивановское Белебеевского р-на).
Кроме методической работы, Национальный литературный музей РБ ведет научные исследования, работает над концепциями, издает буклеты. По знаменательным датам писателей проводит республиканские конкурсы среди учащихся школ, лицеев и гимназий по творчеству писателей, встречи с писателями, музыкально-литературные вечера, посвященные писателям-юбилярам, организовывает передвижные выставки.
За небольшой период работы Головного музея создан огромный фонд, который состоит из рукописей, книг, материалов изобразительного искусства, портретов писателей, документов, мебели, личных вещей писателей, фотографий и т.д.
Своей просветительской, образовательной, воспитательной работой среди школьников, студентов, молодежи Национальный литературный музей РБ и его филиалы вносят большой вклад в развитие культуры Башкортостана.